Dr hab. Markus Krzoska jest uznanym historykiem niemieckim młodego pokolenia, który od wielu lat inicjuje i moderuje debaty o Polsce i relacjach polsko- niemieckich. Jednym z elementów jego pracy na rzecz polepszenia kontaktów polsko- niemieckich i rozpowszechniania wiedzy o Polsce było ponad 20-letnie prowadzenie listy mailingowej ”polhist”, która dla wielu osób zajmujących się sprawami polskimi i stosunkami polsko-niemieckimi była pierwszym przewodnikiem w ich zainteresowaniach. We współpracy z prof. Wernerem Weidenfeldem zrealizował projekt poświęcony Polsce i zjednoczeniu Niemiec 1989/90.
Dr hab. M. Krzoska był też uczestnikiem ważnych projektów badawczych i autorem licznych publikacji, w tym, pierwszej tego typu na rynku niemieckim, poświęconej historii kultury Polski po 1945 r. Był również jednym z redaktorów „Bibliografii do stosunków-polsko niemieckich“, czterotomowego opracowania, które jest pierwszym przewodnikiem po piśmiennictwie z tego zakresu od XIX w. i jak dotąd niemającym sobie równych w tej dziedzinie. Równie znaczącym była rozprawa doktorska Markusa Krzoski (2001 r.) pt. "Zygmunt Wojciechowski (1900-1955) jako historyk i publicysta", która stanowiła pierwszą
biografię jednego z czołowych polskich badaczy zajmujących się problematyką Ziem Zachodnich, twórcy Instytutu Zachodniego w Poznaniu.
Obecnie Markus Krzoska realizuje projekt badawczy pt. „Park Narodowy w Białowieży“.